Освоение методов биоинформатического анализа полногеномных и транскриптомных данных

Стажировки

Сотрудники:

м.н.с. Водясова Е.А.

зав. лаб. Кривенко О.В.

вед. инж. Кулешова О.Н.

н.с. Челебиева Э.С.

 

Руководитель стажировки:

Афонников Дмитрий Аркадьевич (Лаборатория эволюционной биоинформатики и теоретической генетики)

Место:

Новосибирск, Институт цитологии и генетики СО РАН

Время:

4 – 10 августа 2017 года

Цель:

Освоение методов биоинформатического анализа полногеномных и  транскриптомных данных

Задачи:

  1. Изучение транскриптомов нейронов A.californica (данные scRNA-seq)

На основе данных SingleCell транскриптомов 96 нейронов проанализировать экспрессию генов в каждой клетке. На основе нормализованных значений экспрессии всех генов провести кластеризацию всех 96 клеток.

  1. Реконструкция филогении моллюсков

По данным полного генома A.californica и 31 полного транскриптома различных видов Aplocophora (27 видов) и Polyplacophora (4 вида) провести филогенетический анализ.

 

Заключение о стажировке:

В ходе стажировки были получены навыки работы в следующих программных пакетах: FastQC (оценка качества секвенирования), TopHat (картирование на референсный геном), Cufflinks (анализ экспрессии генов), CumeRbund (кластеризация на основе данных об экспрессии), Рroteinоrtho (анализ ортологических групп). Освоена работа с базами данных NCBI.