Пробоподготовка и проведение захвата клеток у представителей различных типов животных на примере типа Пластинчатые (Placozoa) (штамм Н4) для дальнейшего секвенирования scRNA-seq. Разработка протокола выделения функциональных протопластов из клеточных культур диатомовых водорослей (Bacillariophyta) для последующего секвенирования единичных клеток (scRNA-seq)

Стажировки

Сотрудники:

н.с. Челебиева Э.С.

м.н.с. Романова Д.Ю.

Руководитель стажировки:

Мороз Леонид Леонидович

Место:

Хайдельберг,  Европейская лаборатория молекулярной биологии

Время:

16 – 26 декабря 2017 года

Цели:

— Пробоподготовка и проведение захвата клеток у представителей различных типов животных на примере типа Пластинчатые (Placozoa) (штамм Н4) для дальнейшего секвенирования scRNA-seq

— Разработка протокола выделения функциональных протопластов из клеточных культур диатомовых водорослей (Bacillariophyta) для последующего секвенирования единичных клеток (scRNA-seq).

 

Задачи:

  1. Разработать протоколы диссоциации животных для получения суспензии живых клеток;
  2. Провести захват клеток на 10x Genomics с дальнейшим синтезом кДНК для данного штамма Trichoplax adhaerens (Placozoa).
  3. Разработать протокол получения функциональных протопластов из клеточной культуры для дальнейших исследований;
  4. Провести пробоподготовку полученных протопластов клоновой культуры Entomoneis paludosa (W. Smith) Reimer, штамм 1EP60530P, для секвенирования scRNA-seq.

 

Рис. 1. Лабораторный штамм 1EP60530P вида Entomoneis paludosa (W. Smith) Reimer: слева клетка в фазе экспоненциального роста и стадии вегетативного деления, справа вышедший из створки протопласт клетки.

 

Заключение о стажировке:

— В результате проведенной работы был разработан протокол выделения функциональных протопластов для клеточной культуры Entomoneis paludosa (W. Smith) Reimer, лабораторный штамм 1EP60530P. Проведена пробоподготовка для создания 3D-модели живой клетки E. paludosa по технологии Hi-C; осуществлена фиксация культуры клеток для дальнейшего транскриптомного анализа и фиксация культуры клеток по технологии 10xGenomics с использованием 100% метанола.

— Разработаны протоколы диссоциации Тrichoplax adhaerens (линия H4) (Placozoa) для получения суспензии живых клеток и дальнейшего scRNA секвенирования на 10x Genomics и синтеза кДНК. Освоены методы фиксации животных для транскриптомного анализа и пробоподготовка создания 3D-модели живой клетки.