Автор: bio_admin

Entomoneis paludosa (Bacillariophyta), штамм 1EP60530P

Основные результаты:

  • Разработан протокол получения цельных протопластов живых клеток клеточной культуры;
  • Проведена фиксация культуры клеток по технологии 10xGenomics с использованием 100% метанола;
  • Проведена пробоподготовка для создания 3D-модели живой клетки E. paludosa по технологии Hi-C;
  • Проведена фиксация культуры клеток для дальнейшего транскриптомного анализа;

Планы:

  • Подготовка биоматериала к получению филогенетических данных о таксономическом положении вида.
  • Получение данных секвенирования single-cells.
  • Наложение данных 3D-реконструкции по технологии Hi-C и данных 3D-реконструкции во времени лазерной сканирующей микроскопии.

Trichoplax adhaerens (Placozoa), штамм Н4

Условия культивирования:

Искусственная морская вода 35-37  о/oo
Оптимальная температура – 28 оС
Питание — зеленая микроводоросль Tetraselmis marina и цианобактерия Oscillatoria sp.

Основные результаты:

  • Разработаны протоколы диссоциации тканей на живые одиночные неагрегированые клетки без применения ферментов;
  • Проведены первые работы по секвенированию этих клеток (Single-cell RNA sequencing);
  • Проведена фиксация живых клеток по методу 10x Genomics, позволяющая хранить пробы в течение длительного срока без повреждений;
  • Проведена пробоподготовка для создания 3D-модели живой клетки T.аdhaerens;
  • Проведена фиксация животных для дальнейшего транскриптомного анализа;

Планы

  • Подготовка библиотек для секвенирования и биоинформатический анализ полученных данных. Секвенирование одиночных клеток может выявить не описанные на сегодняшний день типы клеток T. аdhaerens.

Никитский ботанический сад – Национальный научный центр РАН

ФГБУН «Ордена Трудового Красного Знамени Никитский ботанический сад – Национальный научный центр РАН»

Директор – Плугатарь Юрий Владимирович, д.с/х.н., чл.-корр. РАН, тел. +7 (3654) 335530 — приёмная директора, e-mail: 

Официальный сайт: www.nbgnscpro.com

Адрес:
298648, Россия, Республика Крым,
г. Ялта, пгт Никита,
Никитский ботанический сад
E-mail: priemnaya-nbs-nnc@ya.ru

Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук

«Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук»

Директор Института: Колчанов Николай Александрович, академик РАН

Официальный сайт: http://www.bionet.nsc.ru

630090, Новосибирск, Россия, просп. Академика Лаврентьева, 10, ИЦиГ СО РАН

тел.: +7(383) 363-49-80

факс: +7(383) 333-12-78

е-mail: icg-adm@bionet.nsc.ru

Mnemiopsis leidyi и Beroe ovate (Ctenophora)

Основные результаты:

  • Отработана методика получения отдельных стадий развития гребневиков: от одной клетки до эмбриона стадии В;
  • Выделена РНК и синтезирована кДНК для дальнейшего транскриптомного анализа из двух типов тканей: аборального органа (1.1) и субсагиттальных гребней (1.2).

Планы:

  • Уточнение филогении гребневиков из различных регионов Мирового океана по данным транскриптомного анализа;
  • Изучение изменения экспрессии генов на различных стадиях онтогенеза

Хоаномонады (Choanomonada)

Хоаномонады (Choanomonada) представляют собой сравнительно небольшую группу гетеротрофных одноклеточных эукариот, которой придается разный таксономический ранг, но очень важных для понимания механизмов возникновения животных и реконстирукции предковых (наследственных) линий. В nастоящее время насчитывается около 100 видов морских и пресноводных хоаномонад и только единичные виды стали объектом детальных молекулярных исследований.

На наш взгляд, механизмы регуляции онтогенеза на клеточном уровне у простейших, а также механизмы межклеточного взаимодействия у этих организмов вполне могут быть моделью формирования механизмов морфогенеза многоклеточных. Вероятно, базовые механизмы клеточного морфогенеза сформировались уже у одноклеточных эукариот, благодаря чему гипотетические предки Metazoa были “преадаптированы” к многоклеточности. Но существует ряд нерешенных проблем, которые приводят к отрицанию рядом авторов родства хоаномонад и губок.

Изучение геномов и экспрессии генов хоаномонад, вероятно, позволит реконструировать отдельные особенности генома многоклеточных животных, а также пути возникновения многоклеточности у животных.   Особенно интересно в этой связи проследить экспрессию генов на разных фазах клеточного цикла у одиночных и во время формирования колоний у колониальных Choanomonada.

До последнего времени были неизвестны находки хоаномонад в Черном море. Однако в этом году впервые  обнаружены 7 видов хоанофлагеллат: Codosiga botrytis Ehrenberg, 1838; Salpingoeca abyssalis Nitsche et al., 2007; Salpingoeca amphoridium James-Clark, 1868; Salpingoeca infusionum Kent, 1880; Salpingoeca megacheila Ellis, 1929; Stephanoeca diplocostata Ellis, 1930; Stephanoeca sp. Эти виды являются перспективными объектами для молекулярно-генетических исследований. Для этого необходимо наладить культивирование ряда видов, , что и было осуществлено в процессе реализации данного проекта. В частности, нами подобраны протоколы культивирования морских и пресноводных хоанофлагеллат , которые представлены ниже. Виды, которые мы можем культивировать в настоящее время, включают: морские, планктонные Acanthoecopsis, Diaphanoecaморские и пресноводные Monosiga i Salpingoeca. Успешное выполнение этого этапа позволит нам экспериментально исследовать разнообразие клеточных стадий у этих уникальных организмов с использованием методологии секвенирования единичных клеток, включая анализ филогенетических взаимоотношений у хоанофлагеллят в период 2018-2019 гг.

Cristatella mucedo (Bryozoa)

Основные результаты:

  • Разработаны протоколы диссоциации тканей с применением протеиназы XIV;
  • Проведены первые работы по секвенированию этих клеток (Single-cell RNA sequencing);
  • Проведена фиксация живых клеток по методу 10x Genomics;
  • Проведена фиксация животных для дальнейшего транскриптомного анализа;
  • Сделана оценка общего числа клеток у единичного организма;
  • Выделено 8 мг высокомолекулярной ДНК

Планы:

  • Подготовка библиотек для секвенирования и биоинформатический анализ полученных данных.
  • Кластеризация и выделение новых типов клеток на основе данных SingleCell

Trichoplax adhaerens (Placozoa), штамм Н1

Условия культивирования:

Искусственная морская вода 33-35  о/oo
Оптимальная температура – 22-25 оС
Оптимальная pH – 8.0
Питание — зеленая микроводоросль Tetraselmis marina

Основные результаты:

  • Разработаны протоколы диссоциации тканей на живые одиночные неагрегированые клетки без применения ферментов;
  • Проведены первые работы по секвенированию этих клеток (Single-cell RNA sequencing);
  • Проведена фиксация 100 животных для дальнейшего транскриптомного анализа;
  • Проведены начальные работы по изучению поведения (поиск положительных и негативных стимулов для трихоплакса)
  • Показана сильная автофлуорисценция животных

Branchiostoma lanceolatum

Условия содержания:

Морская вода 18  о/oo
Температура – 20 оС
Постоянная аэрация, объем аквариума 5 л на 20-30 животных
Грунт – песок (с места обитания)
Питание — Psammodictyon panduriforme var. continua или Entomoneis paludosa (каждые 3 дня)

Основные результаты:

  • Разработаны протоколы диссоциации различных тканей: сенсорных структур, мышечных тканей, эндостиля, нервной трубки;
  • Проведены первые работы по секвенированию клеток (Single-cell RNA sequencing) сенсорных структур и нервной трубки;
  • Проведена фиксация живых клеток по методу 10x Genomics;
  • Проведена фиксация для 3D анализа конформации хромосом;
  • Проведена фиксация животных для дальнейшего транскриптомного анализа
  • Выделено 30 мг высокомолекулярной ДНК для NGS

Планы:

  • Секвенирование и аннотирование полного генома Branchiostoma lanceolatum
  • Получение транскриптомов каждой нервной клетки с последующей кластеризацией по типам.
  • Разработка протокола поэтапной диссоциации нервных клеток с целью захвата отдельных клеток — пигментированных нейронов — которые имеют наименьшую выживаемость в экспериментах и погибают в первую очередь.