Автор: bio_admin

Каталог образцов гидробионтов Дальневосточных морей России

Со 2 июня по 16 июля 2018 г. состоялась комплексная экспедиция в Берингово море, организованная Национальным научным центром морской биологии Дальневосточного отделения Российской академии наук. В 82 рейсе на НИС «Академик М.А. Лаврентьев» приняло участие 26 научных сотрудников из российских научно-исследовательских институтов. Были отобраны планктонные пробы в Японском, Охотском и Беринговом морях. Работы по сбору бентосных организмов проводили в районе массива Вулканологов и на чукотском склоне от мыса Олюторский до мыса Наварин.

В ходе экспедиции со 02.06.2018 по 12.07.2018г. в рамках программы по теме «Реконструкция генеалогии клеточных систем на основе анализа биоразнообразия мирового океана» было выполнено 17 станций двумя зоопланктонными сетями и 15 станции, на которых были отобраны бентосные организмы и пробы грунта телеуправляемым подводным аппаратом «Comanche 18». Также во время экспедиции были отработаны 5 протоколов по фиксации тканей и животных для последующего анализа: полного генома (75 образцов); реконструкции трехмерной структуры генома (64 образца); полного транскриптома – (202 образца по 3 разным протоколам). Всего по результатам экспедиции Собрано 363 образца геномного материала от 76 видов: 32 вида планктонных организмов; 44 вида – представители уникальной фауны глубоководных сипов подводного вулкана.


Район работ 82-го рейса НИС «Академик М.А. Лаврентьев» с обозначением станций.


Научно-исследовательское судно «Академик М.А. Лаврентьев».

Телеуправляемый подводный аппарат «Comanche 18»



Методы фармакогеномики

Сотрудники:

м.н.с. Романова Д. Ю.

Руководитель стажировки:

Мороз Л.Л.

Место:

ШВЕЙЦАРИЯ Лозанна Университет Лозанны

Время:

12 декабря ноября – 19 декабря 2018 года

Цель:

Освоение методов фармакологии, применяемых при изучении функциональной геномики морских организмов.

Задачи:

Отработка протоколов исследования влияния специфических пептидов на поведенческие реакции у двух популяций Trichoplax adhaerens;и нового вида Placozoa (Hoilungia hongkongensis).

 

Результаты:

  • Отработаны новые протоколы исследования влияния специфических пептидов на поведенческие реакции у двух популяций Trichoplaxadhaerens;и нового видаPlacozoa(Hoilungiahongkongensis), специфических для идентификации генов активируемых специфическими сигнальными молекулами.

Методы изоляции клеток у морских беспозвоночных. Подготовка библиотек на…

Сотрудники:

м.н.с. Романова Д.Ю.

м.н.с. Кулешова О.Н.

Руководитель стажировки:

Мороз Л.Л.

Место:

НОРВЕГИЯ, Берген, Университет Бергена

Время:

27 ноября – 11 декабря 2018 года

Цель:

Отработка методов диссоциации клеток на отдельных представителях морских беспозвоночных для дальнейшей подготовки библиотек на оборудовании 10x Genomics.

Задачи:

Освоение работы на оборудования 10x Genomics: подготовка образцов с неповрежденными клетками для загрузки в микрочипы, подготовка библиотек кДНК для секвенирования на платформе Illumina.

Результаты:

Подготовлены библиотеки кДНК образцов Trichoplax adhaerens (штамм H1) и Hoilungia hongkongensis (штамм H13) для последующего секвенирования.

Особенности выделения клеток у отдельных типов морских беспозвоночных для…

Сотрудники:

м.н.с. Романова Д.Ю.

Руководитель стажировки:

Мороз Л.Л.

Место:

ДАНИЯ, Копенгаген, Университет Копенгагена

Время:

24 апреля – 4 мая 2018 года

Цель:

Отработка методов диссоциации клеток тканей у отдельных представителей мейофауны для дальнейшей анализа единичных клеток на оборудовании 10x Genomics.

Задачи:

  1. Отработать протоколы диссоциации животных с целью получения суспензии неповрежденных клеток, без деградации РНК.

Результаты:

Биоразнообразие: геномика и эволюция (BioGenEvo-2018)

Даты: 22-23 августа 2018 года

BioGenEvo-2018 (PDF)

Cсылка в РИНЦ

Организаторами симпозиума являются: ФАНО России, Лаборатория биоразнообразия и функциональной геномики Мирового океана ФГБУН «Институт морских биологических исследований имени А.О. Ковалевского РАН», ФГБУН Ордена Трудового Красного Знамени Никитский ботанический сад — Национальный научный центр РАН, Федеральный исследовательский центр «Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук».

Симпозиум посвящен новым методам и стратегии исследования глобального биологического разнообразия в экосистемах, нервных системах и биологии развития на уровне единичных клеток. Будут также рассмотрены стратегии сравнительного анализа геномов и молекулярных механизмов адаптации организмов к экстремальным условиям, вопросы реконструкции происхождения и эволюции животных и растений, а также клеточных типов.

Программа симпозиума включает пленарные лекции ведущих российских и зарубежных ученых в области биологии отдельных таксонов, нейробиологии, геномике и биоинформатике, также планируются устные и стендовые доклады специалистов разного профиля и молодых ученых.

Симпозиум “Биоразнообразие: геномика и эволюция” объединит следующие научные направления по двум основным разделам:

1) Новейшие технологии массового параллельного секвенирования отдельных клеток, включая:

 классификация и эволюция клеток;
 обработка и анализ данных массового параллельного секвенирования транскриптомов единичных клеток;
 вычислительные методы для кластеризации и визуализации данных в геномике единичных клеток;
 составление атласов клеточных типов по основным таксонам эволюционного древа;
 компьютерное моделирование пространственной структуры клетки с помощью секвенирования.

2) глобальное биологическое разнообразие, включая:

 макроэволюция организмов по всему эволюционному древу;
 филогеномика;
 эволюция и геномные основы видообразования;
 молекулярные механизмы адаптации;
 эволюция нервных систем;
 эволюция и развитие.

Рабочий язык симпозиума – английский.

Место проведения: симпозиум пройдёт в новом здании Новосибирского Государственного Университета.  (г. Новосибирск, ул. Пирогова, 2).

Освоение методов in situ гибридизации

Сотрудники:

м.н.с. Водясова Е.А.

м.н.с. Романова Д.Ю.

н.с. Челебиева Э.С.

Руководитель стажировки:

к.б.н., с.н.с. Старунов В.В.

Место:

Санкт-Петербург, Санкт-Петербургский государственный университет, кафедра зоологии беспозвоночных животных.

Время:

29 марта – 13 апреля 2018 года

Цель:

Освоение методов in situ гибридизации на примере Cristatella musedo

Задачи:

Ознакомиться с методикой пробоподготовки и метода in situ гибридизации, используемого для локализации (картирования) определенных нуклеотидных последовательностей ДНК или РНК прямо в клетках или на срезах тканей, без предварительного выделения нуклеиновых кислот.

Результаты:

  • Проведена пробоподготовка: выращивание бактериальных клеток E. сoliна специализированных питательных средах, очистка ПЦР- продуктов, встраивание в плазмиду путем лигирования, трансформация клеток по прилагающимся протоколам, выделение плазмидной ДНК и др.
  • Отработан 4-дневный протокол insituгибридизации для 3 генов Cristatellamusedo

Entomoneis paludosa (Bacillariophyta), штамм 1EP60530P

Основные результаты:

  • Разработан протокол получения цельных протопластов живых клеток клеточной культуры;
  • Проведена фиксация культуры клеток по технологии 10xGenomics с использованием 100% метанола;
  • Проведена пробоподготовка для создания 3D-модели живой клетки E. paludosa по технологии Hi-C;
  • Проведена фиксация культуры клеток для дальнейшего транскриптомного анализа;

Планы:

  • Подготовка биоматериала к получению филогенетических данных о таксономическом положении вида.
  • Получение данных секвенирования single-cells.
  • Наложение данных 3D-реконструкции по технологии Hi-C и данных 3D-реконструкции во времени лазерной сканирующей микроскопии.

Trichoplax adhaerens (Placozoa), штамм Н4

Условия культивирования:

Искусственная морская вода 35-37  о/oo
Оптимальная температура – 28 оС
Питание — зеленая микроводоросль Tetraselmis marina и цианобактерия Oscillatoria sp.

Основные результаты:

  • Разработаны протоколы диссоциации тканей на живые одиночные неагрегированые клетки без применения ферментов;
  • Проведены первые работы по секвенированию этих клеток (Single-cell RNA sequencing);
  • Проведена фиксация живых клеток по методу 10x Genomics, позволяющая хранить пробы в течение длительного срока без повреждений;
  • Проведена пробоподготовка для создания 3D-модели живой клетки T.аdhaerens;
  • Проведена фиксация животных для дальнейшего транскриптомного анализа;

Планы

  • Подготовка библиотек для секвенирования и биоинформатический анализ полученных данных. Секвенирование одиночных клеток может выявить не описанные на сегодняшний день типы клеток T. аdhaerens.

Никитский ботанический сад – Национальный научный центр РАН

ФГБУН «Ордена Трудового Красного Знамени Никитский ботанический сад – Национальный научный центр РАН»

Директор – Плугатарь Юрий Владимирович, д.с/х.н., чл.-корр. РАН, тел. +7 (3654) 335530 — приёмная директора, e-mail: 

Официальный сайт: www.nbgnscpro.com

Адрес:
298648, Россия, Республика Крым,
г. Ялта, пгт Никита,
Никитский ботанический сад
E-mail: priemnaya-nbs-nnc@ya.ru

Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук

«Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук»

Директор Института: Колчанов Николай Александрович, академик РАН

Официальный сайт: http://www.bionet.nsc.ru

630090, Новосибирск, Россия, просп. Академика Лаврентьева, 10, ИЦиГ СО РАН

тел.: +7(383) 363-49-80

факс: +7(383) 333-12-78

е-mail: icg-adm@bionet.nsc.ru